Структура
Отдел динамики водной среды
Отдел качества вод и экологии
Отдел поверхностных вод
Отдел управления водными ресурсами
Лаборатории, не объединенные в отделы
Отдел гидрологии речных бассейнов
Образовательное структурное подразделение
АДМИНИСТРАТИВНО-УПРАВЛЕНЧЕСКИЙ ПЕРСОНАЛ, ХОЗЯЙСТВЕННЫЙ ОТДЕЛ